No Megathread há algumas boas sugestões, como nas seções catalogo-e-lojas e apps-vanilla.

Pessoalmente, costumo usar o APKMirror de vez em quando, mais por comodidade do que por preferência.

Agora, se o objetivo for utilizar APKs modificados, há algumas opções listadas em apps-modificados. No entanto, não tenho experiência com esses, não uso esse tipo de aplicativo há uns 4 ou 5 anos.